El eje fundamental del Proyecto Tlatelolco 1987–2025 es la contrastación de las ciudades gemelas de los mexicas a partir del registro de sus acervos en contextos análogos espacio temporalmente.

Otra misión del proyecto es la reivindicación de Mexico Tlatelolco a través de la historia nacional y la dignificación del sitio.

Actualmente el Proyecto Tlatelolco se encuentra a cargo del arqueólogo Salvador Guilliem Arroyo.