Durante 1947 la mayoría de los trabajos se dedicaron a la exploración de un pozo estratigráfico que permitiera conocer las dimensiones del Templo Mayor en su segunda etapa, para lo que se eligió la esquina Noreste de la estructura. En este proceso se localizó otra ofrenda que fue depositada en una cista de enormes sillares de cantera rosa, muy similar a las anteriores, pero sin la presencia de un cráneo humano.(12)
En enero de 1948, lentamente se fueron quitando los rellenos de piedra hasta alcanzar el desplante del edificio, constatando que se trataba de una estructura de cuatro cuerpos que desplantan de un zoclo de 50 cm de altura, mismo que descansa sobre un piso totalmente estucado.(13)
En 1950 se recuperó un lote de figurillas que estaban en poder del señor Ismael Hernández, del taller de cobrería de los Ferrocarriles Nacionales, ubicado en Nonoalco, el cual lo obtuvo durante la excavación de una trinchera que se hizo en aquel lugar con fines de drenaje. Durante ese mismo año el señor Franklin Mash inició el estudio de los petroglifos incorporados a la fachada Este de la Etapa II del Templo Mayor.(14)
La señora Carmen Cook realizó el estudio de las figurillas procedentes de Nonoalco y publicó en este mismo año sus resultados, identificando en ellas representaciones de las diosas Xochiquétzal y Cihuacóatl.(15)
En la serie Tlatelolco a través de los tiempos que consta de 12 volúmenes publicados por la Academia de la Historia, se puede ver que prácticamente el trabajo de exploración arqueológica se llevó a cabo desde el 12 de abril de 1944 hasta 1948, siendo los trabajos posteriores de investigación en fuentes etnohistóricas o de mantenimiento de los monumentos descubiertos. Así, el último volumen de Tlatelolco a través de los tiempos apareció hasta 1956.
A finales de la década de los años 50 del siglo XX, el gobierno de Adolfo López Mateos (1958-1964), decidió realizar una magna unidad habitacional en los terrenos que quedaban al Norte de la ciudad de México, siendo las tierras del antiguo señorío de Tlatelolco. Del Conjunto Urbano "Presidente López Mateos", se menciona que dicha obra se conformó de 102 edificios, con 11 956 departamentos para un total de 69 344 habitantes, mismos que contarían con servicios sociales y deportivos, escuelas desde nivel básico hasta medio superior, hospitales, comercios, centros culturales, estacionamientos y museos. Sin embargo, el crecimiento anárquico de la ciudad y su población rebasó todas las expectativas de sus creadores.
En la última parte de la presentación del conjunto habitacional aparece una sección titulada "Las tres épocas de Nonoalco Tlaltelolco", quizá atribuible a Francisco González Rul, que es precedida por dos ilustraciones del Proyecto de Zona Arqueológica de Tlatelolco, en donde, de acuerdo con los planes de los arquitectos Pani y Robina, se aprecia la intención de rodear la zona arqueológica ya limitada por el equipo de Martínez del Río, por un enorme espejo de agua que armonizara con la torre de la Secretaría de Relaciones Exteriores, obra de Pedro Ramírez Vázquez, sin importar los nuevos descubrimientos arqueológicos.
Por otra parte, el Tecpan de Tlatelolco, que fuera la casa de gobierno del señorío de indígenas, y donde aparentemente gobernó Cuauhtémoc, fue cercenado para dar paso a la prolongación de la avenida Paseo de la Reforma e instalar tres torres departamentales, destruyendo el antiguo edificio, sus habitaciones, sus cuatro patios, y quizá la fuente octagonal referida en el Códice Tlatelolco de 1550.
Los constructores en realidad no contemplaron respetar el Tecpan; su fachada principal que estuviera orientada al Poniente, fue quitada e instalada como fachada posterior del Colegio de la Santa Cruz, convirtiéndose en fachada secundaria. El único testimonio del Tecpan (Palacio) del siglo XVI que sobrevivió a los arquitectos, fue la arcada de siete vanos que actualmente aparece. La demolición de la casa que albergaba el mural de David Alfaro Siqueiros, contribuyó a darle un uso al Techan, ya que fue convertido en el "Recinto de Homenaje a Cuauhtémoc".
Respecto al Colegio de la Santa Cruz, fue cegada su arcada de tres grandes vanos de medio punto de la fachada principal, lo que era su receptoría de peregrinos se cambió por un acceso de estilo siglo XVIII. Su herrería también se desprendió para dar paso a portones de madera no acordes con el edificio. Lo que fuera la fachada porfiriana del siglo XIX de la prisión militar también fue demolida junto con el cuartel militar; así, ante el paso de la "modernidad" se transformó Tlatelolco.
Durante la creación de la unidad habitacional "López Mateos" se comisionó como responsable del salvamento de los restos prehispánicos a Francisco González Rul, que inició sus labores en el mes de marzo de1960, y quien luchó denodadamente en contra de los planes de los arquitectos, quienes realmente no deseaban la liberación de edificios prehispánicos. El andador central actual, al Sur de la estructura del Templo Mayor, se realizó para contener las aguas del espejo que afortunadamente no se concluyó. Así, gran parte del recinto ceremonial de Tlatelolco comenzó a resurgir, la zona limitada por los miembros del proyecto anterior aún mostraba el interior de la Etapa II del Templo Mayor, en que se mostraba la estructura llamada Tlatelolco I. En los primeros años del trabajo de González Rul se desmontó la escalera de la Etapa III del Templo Mayor, a la que Antonieta Espejo llamó "B", con la finalidad de que se apreciara la fachada principal de la Etapa II.
En 1962, Francisco González Rul publicó, junto con Braulio García Mejía, los hallazgos realizados en el área actualmente ocupada por el Eje Central, mencionando varios edificios y una gran cantidad de entierros individuales tanto primarios como incinerados y la presencia de osarios.
En 1963 se publicó el descubrimiento del plato de fondo ondulado llamado "Cuauhxicalli", junto con los datos contextuales.(16) En el mismo año publicó "Un Tzompantli en Tlatelolco", acerca de 170 cráneos evidentemente procedentes de un altar Tzompantli, localizados muy cerca del templo ubicado en la esquina Noreste de la zona arqueológica.(17) En este año se comenzó a trabajar el patio Sur del recinto ceremonial, comenzando por el Templo Calendárico, parte del Palacio y los dos edificios ubicados hacia la esquina Sureste del Templo Mayor.
En un informe enviado por González Rul al entonces Departamento de Monumentos Prehispánicos, se menciona un dato por demás relevante: Pirámide central. Se continúan los trabajos de desescombro en la Fase III y en el interior de la Fase II se continúan los trabajos de rescate de pinturas.(18) La existencia de pintura mural en lo que correspondería a la estructura de Tlatelolco I, abrió la posibilidad de encontrar restos del adoratorio a Tláloc.
En 1964 Francisco González publicó un resumen de los trabajos en donde dice: "...se han explorado y restaurado varios conjuntos arquitectónicos de gran importancia, entre los que destacan una antigua calle prehispánica, una plaza y un templo con elementos calendáricos".(19)
Toda la información contenida en este apartado está basada en la publicación de Salvador Guilliem Arroyo "Ofrendas a Ehécatl-Quetzalcóatl en México-Tlatelolco" (México, INAH, Colección Científica, Núm. 400, 1999).
12) Ibid., vol. IX. p. 8.
13) Ibid., vol. X. pp. 8-13
14) Ibid., vol. XI, p. 12.